Pi and Tajima’s D

Fst matrix

##       TB17 PWS17 SS17 BC17 WA17 CA17
## TB17  0.00  0.33 0.30 0.39 0.30 0.41
## PWS17 0.33  0.00 0.05 0.06 0.18 0.12
## SS17  0.30  0.05 0.00 0.14 0.12 0.20
## BC17  0.39  0.06 0.14 0.00 0.26 0.05
## WA17  0.30  0.18 0.12 0.26 0.00 0.29
## CA17  0.41  0.12 0.20 0.05 0.29 0.00

##       PWS91 PWS96 PWS07 PWS17
## PWS91  0.00  0.04  0.21  0.07
## PWS96  0.04  0.00  0.17  0.01
## PWS07  0.21  0.17  0.00  0.13
## PWS17  0.07  0.01  0.13  0.00

Fst and PBS by chromosome